No hace mucho actualicé la versión de Darktable a la 3.6.1. No supuso muchos cambios técnicos más allá de mejorar algunos plugins. Pero hay un detalle a tener muy en cuenta con ésta nueva versión

Si os fijáis, a la hora de importar podemos elegir añadir a la fototeca o bien copiar e importar.

Os recomiendo encarecidamente que eligais añadir a la fototeca. Esta opción mantiene el RAW original y crea un archivo XMP que es el archivo en el que aparece reflejado los cambios que se hagan, mientras que en copiar e importar hace na edición destructiva del RAW.